1999年，某个东西被卡车运出了馆山市。几天后，哥斯拉登陆了馆山，特生自卫队出动与之展开了苦战。在战斗中，自卫队员家城茜（釈由美子 饰）意外害死了战友叶山二尉（森末慎二 饰），自己却侥幸活了下来，并被派去了资料科。 另一方面，日本政府在柘植真智子首相（水野久美 饰）的指挥下，召集了汤原德光（宅麻伸 饰）等科学家开始研究对付哥斯拉的G兵器。他们以在馆山冲挖掘出来的初代哥斯拉骨骼为基础，用了四年制成了机械哥斯拉——3式机龙。柘植首相辞职，由科学技术厅长官五十岚隼人（中尾彬 饰）就任新首相。同时，茜被派去了机龙队，担任机龙的操作员。 就在准备机龙测试机动时，哥斯拉又在东京湾出现了。机龙赶赴现场与哥斯拉对战，却因哥斯拉的吼声唤醒了体内的野兽灵魂，突然暴走，在城市中造成了大破坏。 为了改良机龙，汤原改变了机龙DNA计算机的碱构造，使机龙不会再受哥斯拉叫声的干扰。但由于对再次暴走的担忧，五十岚迟迟不允许出动机龙。 哥斯拉再度出现在东京湾，一路无视特生自卫队的攻击来到了品川，令城市变成了一片火海。面对如此情景，五十岚终于同意让机龙出动。 为了打败哥斯拉，机龙被送到了品川。茜也抱着必死的觉悟。机龙和茜的战斗就这样开始了。
观众对《哥斯拉大战机械哥斯拉》的评价两极分化，一方面认为剧情离谱、演员表现惊艳，另一方面认为编剧粗制滥造、剧情不合理。
它是一部值得一看的电影，通过其故事和表现手法，让观众反思剧内向观众表达的意义和人性的复杂！
这是一部非常特别的影片，没有大开大合的剧情，没有博人眼球的类型元素，没有贯穿到底的故事脉络。像是一杯温开水，看似平淡，却喝起来十分解渴。
说真的，《哥斯拉大战机械哥斯拉》看完后我真的是久久不能平静！因为这部影片确实带给人的震撼太大了！不论是剧情节奏，还是剧情尺度，都让人不敢相信这是日本剧的水平。
充满了各种自相矛盾的观点，以及对人性的各种颠覆解读，看一遍绝对不过瘾。你每刷一遍，都能对人性有新的认知。
